A finales del siglo XII, Japón fue el escenario de una guerra civil entre los dos clanes dominantes, lo que se conoce como las Guerras Genpei.
Desde la Rebelión de Hōgen en 1156, el gobierno de Japón estuvo regido por Samuráis, pero fue tras las Guerras Genpei cuando el dominio del país, tanto político como militar, estaría dominado totalmente por estos, pasando el Emperador a un segundo plano casi testimonial.
Los clanes Minamoto y Taira eran los dominantes en el siglo XII, pero cuando los Minamoto apoyaron a un candidato a emperador diferente al de sus rivales Taira, surgieron las hostilidades que desembocaron en el primer conflicto, la batalla de Iji, el 23 de junio de 1180. Comenzaban 5 años de conflicto civil.
El 25 de abril de 1185 se celebró la definitiva batalla. Una gran batalla naval que enfrentó a las armadas de ambos clanes con notable superioridad numérica de los Minamoto, que obtuvieron la victoria naval y a la postre fundamental en la derrota final del clan Taira. Se iniciaba una nueva época en Japón. Comenzaba la época feudal con el dominio del clan Minamoto con Yoritomo (Minamoto no Yoritomo) como primer shōgun de la historia de Japón. Este cargo que duraría hasta 1868, le otorgaba el máximo poder del país. Era el comandante del ejercito y por tanto la persona más poderosa del país, nombrado directamente por el emperador y en el que delegaba todo el poder.
El samurái Yoshitsune, general del clan Minamoto, fue el que dirigió tan brillantemente a la armada en la batalla. Había conseguido cambiar el rumbo de la guerra que en los primeros años parecía decantarse por el clan Taira, lo que le había convertido en un héroe popular. Era el hermanastro del primer shōgun Yoritomo que, celoso de su popularidad, trató de asesinarle. Huyó y terminó suicidándose por el seppuku , el método tradicional.
Como curiosidad, el nombre de Genpei toma su valor de la unión de los kanjis de ambos clanes: Genji y Peike.
